唐中晚期，来自西南山区仵作世家的少女楚楚，为实现当仵作的梦想独自来长安闯荡，参加仵作考试，遇到断案如神的安郡王萧瑾瑜。萧瑾瑜招收楚楚作为仵作搭档揭秘探案。楚楚的身世之谜一石激起千层浪，打破了京中多方势力平衡，一场明争暗斗的权力斗争随之展开。伴随着一个个的案件破解，楚楚和王爷等人组成的团队一步步揭开谜底最终破解了一场延续18年的惊天大案。萧瑾瑜和楚楚顺利成婚，而楚楚也获皇帝的最终认可，得到了皇帝亲赐的 “御赐仵作”身份，实现了自己的人生理想。
七年前，云州太守府一夜灭门，七十三口人凭空消失，现场只留七道血指印。七年后，刑案司主簿沈墨在义庄七口空棺中，发现一枚内藏血丝的诡异玉髓。他以为自己在追查一桩盗尸案，却发现自己早已是别人棋盘上的棋子。 所有灵异皆是人为。但人为的背后，藏着一个延续百年的惊天阴谋——有人以“九转轮回阵”窃取国运、逆转生死，而启动阵法的最后一把钥匙，竟是沈墨的血。 他追查父亲失踪的真相，却发现父亲七年前并非失踪，而是以身入局。当他终于踏入那座九层黑塔，坐在塔顶等待他的人——那个人的身份，足以颠覆他所有的认知。 他是谁？是救赎，还是更大的陷阱？ 当至亲成为最大的谜题，当真相需要用命去换——你，还敢往下查吗？ 《皇城诡案》，异象必人为，诡案有真相。
该剧由一起发生在高速公路上的车祸引出一场精心谋划的连环杀案，刑警严密（茅子俊 饰）、孙荀（庞瀚辰 饰）凭借丰富的探案经验不断深入，将一个横跨数年的复仇计划公之于众。在追凶过程中严密意外发现自己一直视作家人与朋友的已故亡师之子周冠男（周彦辰 饰）竟也牵连其中，最终案件真相大白，所有罪犯都得到了应有的审判。
为报父仇的少女沈冰凡（张楠饰）为追查父亲冤案真相伪装身份考入锦衣卫北镇抚司，与“百变灵猫”花满阁（李奕臻饰）、民间女子程欣甜（戴蕥琪饰）结识，并在探查案情的过程中结识了司内杂役许多鱼（葛秋谷饰）、虫二楼的神秘老板常北冥（姜潮饰）、忠厚捕头关云峰（刘帅饰），这样一群志同道合的少年侠士成为知己。他们怀揣理想、身负使命，不畏强权、屡破奇案，一步步揭开当年冤案的真相，将隐匿在锦衣卫中的内奸正法。
在传说中的九城，名门穷小姐范云和白切黑城主齐峥从彼此试探到相互信任，二人一路披荆斩棘为民谋利，最终收获友谊与爱情；范云也助齐峥平天下破陈规，解决九城危机，携手为民打造繁荣九城。
